代谢组学的研究方法（代谢组学的研究方法是）

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本文目录一览：

• 1、代谢组学的研究方法
• 2、血清代谢组学研究、
• 3、代谢组学研究方法
• 4、用PLS和OPLS分析代谢组数据
• 5、简述代谢组学的概念、研究技术和应用
• 6、...转录组学、蛋白质组学和代谢组学的概念、研究方法、优缺点及应用设想...

代谢组学的研究方法

代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液等)采集后进行生物反应灭活、预处理。

先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。

一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰，最终了解不同化合物的结构，建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。

代谢组学的研究方法与蛋白质组学有相似之处，主要包括两种策略：代谢物指纹分析（metabolomic fingerprinting）和代谢轮廓分析（metabolomic profiling）。指纹分析利用液相色谱-质谱联用（LC-MS）技术，通过比较不同个体血样中代谢产物的质谱峰，识别并构建一套能识别不同化合物特性的分析体系。

研究中药这种复杂混合物的毒性，代谢组学是最好的方法，选择不同产地、不同数量、不同组分的中药，做出代谢组图，根据组成变化与毒性、药效相对应，就可把有效的成分最大化，把有毒的东西剔除。同样，代谢组学也是中药质量控制的主要研究手段，有利于中药的出口和国际化。

动物方面如果是动态取血，一般采用大鼠眼眶内眦静脉丛取血。如果是一次性取血，大鼠采用腹主动脉取血，小鼠可以采用心脏取血或者腹主动脉取血。理论来说，血清做代谢组学效果会更好，血清中代谢物的含量略高于血浆。腹主动脉取出的血较多，因此血清或血浆样品均可以作为代谢组学样品进行分析。

血清代谢组学研究、

1、理论来说，血清做代谢组学效果会更好，血清中代谢物的含量略高于血浆。腹主动脉取出的血较多，因此血清或血浆样品均可以作为代谢组学样品进行分析。眼眶取血量少，并且取血手法，用具，环境等因素干扰较大，分离血清时常常会发生溶血的情况，因此建议使用肝素钠抗凝管取血浆，会使样品的平行性较好。

2、血清和血浆样本都被广泛用于代谢组学研究，整体而言，血清和血浆的代谢物种类差异不大，但是多数代谢物在两种样本中浓度差异较大。只要确保样本收集过程的一致性。同一个项目使用的样本一致（都是血浆或都是血清），由于血清样本需要时间去凝结，尤其要注意尽可能保证所有样品凝血时间的一致性。

3、通常采用静脉抽血，使用无菌采血管，可以选择含有或不含有抗凝剂的管子，视后续处理和分析需求而定。样本量：通常需要1-2 mL血液。血液样本处理：离心：将血液样本在4°C下进行离心（例如，3000 g，10分钟），以分离血浆或血清。

4、市场份额：14 公司人数：约300人 公司介绍：国内最早专门从事代谢组学科研服务的公司之一，主打非靶标代谢组学检测分析服务，其优势是数据质量，据说能做到美国metabolon的水平，CV10%。公司创始人源自于复旦大学及中科院，首席科学顾问为代谢组学学会秘书长、中科院朱研究员。

5、四大组学是指基因组学、蛋白质组学、代谢组学和转录组学。基因组学：通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析，从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。

6、继周强实验室之后，西湖大学生命科学学院PI郭天南带领的蛋白质组大数据实验室，近日在新冠病毒研究方面又有重要发现。他们和合作团队一起对新冠肺炎患者血液中的蛋白质和代谢物分子进行系统检测，发现重症患者的血清中存在多种独特的分子变化，并找到了一系列生物标志物，有望为预测轻症患者向重症发展提供导向。

代谢组学研究方法

1、代谢组学的研究方法：代谢组学研究一般包括代谢组数据的采集、数据预处理、多变量数据分析、标记物识别和途径分析等步骤。生物样品(如尿液、血液、组织、细胞和培养液等)采集后进行生物反应灭活、预处理。

2、先进分析检测技术结合模式识别和专家系统等计算分析方法是代谢组学研究的基本方法。其样品主要是动植物的细胞和组织的提取液。

3、一种方法称作代谢物指纹分析 （metabolomic fingerprinting），采用液相色谱-质谱联用（LC-MS）的方法，比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说，代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱峰，最终了解不同化合物的结构，建立一套完备的识别这些不同化合物特征的分析方法。

用PLS和OPLS分析代谢组数据

1、主成分分析(PCA)和偏最小二乘法(PLS)是对变量数超过样本数量或变量之间存在多重共线性的组学数据进行可视化、回归、分类和特征选择的常用方法。

2、这里我们采用基于秩的检验方法，其中基因集富集分析(GSEA)是在转录组数据背景下进行代谢路径分析的一个常见例子，它也可以应用于代谢组数据。使用GSEA或OR分析的途径分析也可以通过结合代谢组学和转录组学数据来进行，好处是从这两种数据类型中收集信息以确定代谢途径富集程度。

3、PLS-DA图的解释需要结合实验设计和研究背景。例如，在代谢组学研究中，成分的分离可能与特定生物标志物或代谢途径相关。理解PLS-DA的结果需要结合具体的研究背景和数据特性。

4、PLS-DA分析法指的是偏最小二乘回归分析法。偏最小二乘回归分析法是一种统计学方法，与主成分回归有关系，但不是寻找响应变量和自变量之间最大方差的超平面，而是通过投影分别将预测变量和观测变量投影到一个新空间，来寻找一个线性回归模型。

简述代谢组学的概念、研究技术和应用

“代谢组学”是一种整体性的研究策略，其研究策略有点类似于通过分析发动机的尾气成分，来研究发动机的运行规律和故障诊断等的“反向工程学”的技术思路。由于代谢组学着眼于把研究对象作为一个整体来观察和分析，也被称为“整体的系统生物学”。

代谢组学隶属于组学范畴之内，目前关注度颇高，它是了解小分子代谢物质(相对分子质量小于1000)数量、种类、丰度的研究技术，可以对小分子物质进行全面的定性及定量分析，并寻找代谢物与环境因子变化的相对关系。然而，代谢组学涉及到的技术原理相对比较广泛，运用的技术手段不同，原理也略有不同。

组学omics，研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学，转录组学，蛋白质组学，代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA，使用方法目前以二代测序为主，将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。当然这仅仅是第一步，随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作。

...转录组学、蛋白质组学和代谢组学的概念、研究方法、优缺点及应用设想...

转录组学研究的是某个时间点的mRNA总和，可以用芯片，也可以用测序。芯片是用已知的基因探针，测序则有可能发现新的mRNA，蛋白组学针对的是全体蛋白，组要以2D-Gel和质谱为主，分为top-down和bottom-up分析方法。

转录组学：通过RNA测序技术，可以获得不同组织或细胞类型的基因表达谱，从而筛选出与特定生理或病理状态相关的基因。蛋白质组学：通过质谱技术等方法，可以鉴定大量的蛋白质，从而了解它们的表达水平和功能，以及与其他蛋白质的相互作用关系。

组学omics，研究的是整体. 按照分析目标不同主要分为基因组学，转录组学，蛋白质组学，代谢组学。基因组学研究的主要是基因组DNA，使用方法目前以二代测序为主，将基因组拆成小片段后再用生物信息学算法进行迭代组装。当然这仅仅是第一步，随后还有繁琐的基因注释等数据分析工作。

四大组学是指基因组学、蛋白质组学、代谢组学和转录组学。基因组学：通过DNA芯片或高通量测序技术对大规模基因组数据进行分析，从而找出与疾病相关的遗传变异及其基因表达情况。

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